Nejstarší budovou, která je svědkem založení města Nových Benátek je kostel Narození Panny Marie založený Janem z Dražic a vysvěcený 25. února 1349. Původní podoba chrámu byla ve slohu rané gotiky a byl součástí kláštera sv. Augustina  řádu Cyriaků.

V husitských bouřích byl klášter vypálen a i kostel byl zpustošen. Následně byly provedeny jen nejnutnější opravy. Teprve Bedřich z Donína, majitel benáteckého panství (v letech 1512 – 1547) dal roku 1522 odstranit poškozenou původní klenbu a budovu nově zaklenout klenbou značně nižší. Současná křížová klenba pochází z konce 17. století, kdy Arnošt Bohumír hrabě ze Schützen nechal postavit barokní věž se železným pavlánem. Při tom pravděpodobně došlo i k prodloužení chrámové lodi. Původní byla kratší. Výstavbou východního zámeckého křídla a galerie došlo k propojení zámeckého kostela se zámkem. V pozdějších letech nebylo kostelu věnováno přílišné pozornosti. Až v roce 1935 jej zakoupil od hraběte Kinského tehdejší děkan Th. Dr. Ignác Veselý a pomocí občanů veřejnou subvencí nechal budovu, včetně interiéru, opravit. V roce 1951 z darů věřících byla provedena konzervace dřevěných soch a řezaných ozdob. Velkou opravou exteriéru včetně celé kostelní věže prošel kostel v sedmdesátých letech dvacátého století, naposledy pak v letech 2004 – 2006. Velkou rekonstrukcí interiéru prochází kostel v současnosti, od roku 2013.

Z původních sedmi oltářů jsou zachovány čtyři, vesměs postavené za hraběte Ignáce Zikmunda z Klenové a Janovic v prvé polovině 18. století. Hlavní oltář tvoří obraz narození Panny Marie, po jeho stranách sochy sv. Petra a Pavla, na stěnách andělé s rohy hojnosti. Z vedlejších oltářů je zajímavý vpravo umístěný barokní oltář s řezanou Kalvárií a sochami  sv. Jana a sv. Anny. Také kazatelna s obrazy svatých otců: Ambrože, Řehoře, Jeronýma a Augustina pochází ze stejného období. Za pozornost stojí i sanktuárium, s erbem pánů z Dražic, dochované v původní podobě. V zadní části lodi jsou čtyři náhrobky a nad nimi  byl zavěšen epitaf Jana z Werthu (nyní vystaven v muzeu).

Pod kostelem je krypta, ve které jsou pochováni někteří držitelé panství, mezi nimi i pověstný Jan z Werthu. Vypravuje se, že z jeho cínové rakve byly později zhotoveny velké svícny do zámeckého kostela.

Podlaha chrámu se, díky navážkám k vyrovnání terénu v zámeckém areálu, ocitla pod úrovní současného terénu. Pod vrstvami navážek je skryt i hřbitov, kdysi obklopující kostel.